从1937年起，康生还先后在陕甘宁边区炮制了几起著名的“特务”案件，进一步强化了人们关于“敌情”严重性的观念。最著名的一是钱维人案。钱维人原是边区公路局长，国共合作开始时，他曾负责与国民党方面联系建筑公路之事。康生多次说他是“内奸”，后下令将其逮捕。二是王遵及案。王遵及是大汉奸王克敏的侄女，她因不满汉奸家庭，要求抗日，来到延安。康生怀疑她是“日本特务和国民党特务”，下令将其关押起来，进行逼供，曾三天三夜不让其睡觉，要她承认是国民党特务组织复兴社的成员。1939年，康生亲自写信，要求严讯王遵及，使其承认是复兴社特务。三是李凝案。李凝原是东北地下党员，曾被日本人逮捕，后经家人保释出狱。她于1938年到延安，1939年7月突然被边区保安部门逮捕。康生逼其承认“叛变投敌为特务，打入党内充当汉奸”。在一次审判会上，康生蛮横地说道：你长那么漂亮，不当特务，谁当特务！最后在定罪结论上写道：走路像日本女人；有日式女内衫；刺探军事秘密等。这些案件虽然后来都被证明是莫须有的，但当时在延安却引起了很大的轰动。

由于有了这些事实做根据，1943年3月16日，毛泽东在中央政治局会议上指出：整风既要整小资产阶级思想，同时也要整反革命。过去我们招军、招生、招党，招了很多人，难于识别。抗战以来，国民党对我党实行特务政策，在社会部和中央党校都发现了许多特务。现在我们要学会识别特务和贤才。在延安，年内要完成审查干部、清洗坏人的工作。此后整风运动进入了审查干部阶段。

3月20日，康生在中央政治局会议上汇报说：抗战以来，国民党普遍实行奸细政策，最近从审查干部中才发现这一政策的阴谋。根据康生的汇报，刘少奇当天就向华中局发出《关于警惕国民党特务政策》的电报，指出：最近延安在整风及全面清查干部思想历史的过程中，发现大批国民党特务与日本特务，今天我们向国民党斗争的主要方式是特务斗争。我们要把反特务斗争看成和军事、政治、经济斗争一样的重要。

4月3日，中共中央发布《关于继续开展整风运动的决定》，指出从1943年4月3日到1944年4月3日，“整风的主要斗争目标，是纠正干部中的非无产阶级思想（封建阶级思想、资产阶级思想、小资产阶级思想）与肃清党内暗藏的反革命分子”。前一种是无产阶级思想与非无产阶级思想的斗争，后一种是革命与反革命的斗争；整风运动既是纠正干部错误思想的最好方法，也是发现内奸与肃清内奸的最好方法。