睚眦及手下制造了数起海难之后，觉得小打小闹地杀人，不足以引起天廷震怒而降罪龙王。为尽快夺取东海王位，他又施新的毒计，向龙王假表孝心，说他想在无名岛上为父王建一座陆地行宫，有利父王龙体安康，不明真相的龙王欣然接受。睚眦率亲信从海上强掠大批渔民到无名岛上修建行宫，待行宫修好后再将所有修建者葬身鱼腹。然后他向天廷告密，将此罪嫁祸龙王，而届时他会因告密有功顺理成章被立为东海新主。随即，他命令海妖嘉应、嘉佑率一批虾兵蟹将负责工程修建事宜，其余手下随他去海上掠人。

许多渔民出海后失踪，默娘便假扮男子，故意被掠到无名岛，强迫做劳役。她发现工地有上万民夫，也见到了许茂盛、胡三等邻居和海盗寨主浪里飞。浪里飞此时已被嘉应、嘉佑任命为监工。默娘嘱咐乡亲们耐心等待，她会想办法救他们回去。

吴宗伦把匪岛的证据交给朝廷，皇上降旨，将江施旗收监问斩，命吴宗伦为泉州知府。此时，敌兵大举侵我边境，皇上命徐大人率兵征讨。睚眦获得消息，乘龙王不在时，调集重兵进行袭击。默娘得信息后立即飞到海面救险，半路遇上晏公祸害渔民，默娘打败晏公，对方却死死拖住她不放，并告诉她，如果救人，会有凶险。默娘哪里会信，将晏公打倒在地，毅然赶赴出事海面。经过一番苦斗，默娘救下官船，但在海滩上又遭遇睚眦及其爪牙的围攻，终因寡不敌众，默娘倒在沙滩上。待菩萨和大仙赶到时，她已没了呼吸……菩萨和大仙封住默娘的魂魄，然后由大仙去玉帝面前为她申请海神封号，却遭到四海龙王联手反对。默娘的死讯传来，惊动了四面八方信众，纷纷出资为她建庙，香火直冲九天，感动玉皇大帝和王母娘娘，终于同意加封默娘为海神，封号妈祖。

默娘成为海神后，更加勤恳为民造福，她先后收伏高里鬼、晏公、甚至还有外国的莫尔斯等海妖、鬼怪，教化他们改恶从善，将来成为她水阙仙班的成员，协助她保障海上平安。在妈祖的感召下，这些恶神们大有改观，逐渐洗心革面，成为妈祖的臂膀。此时才知道，江小凡乃是水怪晏公所化，杀死江小凡所化，他偕妙珠带孩子去监狱探望江施旗，并认江为父亲。江在一番忏悔后死在狱中。

妈祖成为海神后，与吴宗伦联系频繁，人间仙境相互携手，为民造福。时遇家乡一带大旱成灾，妈祖亲自向雨神求雨，没想到，雨神一向自以为是惯了，居然戏弄妈祖，承诺时刻并不降雨。妈祖靠自己的智慧，在玉帝面前力陈，逼迫雨神为家乡解了干旱之苦，又改匪岛为开垦区，安置外乡流入灾民，并亲种蔬菜以解灾民燃眉之急，留下了菜子屿的名称和一段佳话。

妈祖屡派部下深入无名岛，摸清睚眦一伙建行宫的阴谋，并靠王母的留音石取得证据。睚眦一伙到底侦知了狴犴出家为僧的行踪，为斩草除根，他率领部下追杀同胞兄弟，妈祖再次赶到，危急中救下了狴犴。狴犴表示不再回龙宫，他要追随妈祖做一番事业。睚眦为防无名岛工程泄密，唆使力大无穷的六弟将台湾岛背到远离大陆之处，吴宗伦和妈祖合力打造了天钉，把宝岛牢牢拴住。敌军被吴宗伦大军逼退到顺风岛上，借火炮反击，使我军陷入劣势。关键时刻，妈祖出现在敌军阵前，以大仁大德之辞斥退敌将军，率兵退出侵占我国岛屿，而吴宗伦在抗击入侵敌兵时，奋勇杀敌，最后中敌箭壮烈牺牲。

睚眦在无名岛行宫竣工之夜，指使部下将民夫全部沉海，事情泄露后，又指使帮凶在海面沉船，民夫纷纷落水，妈祖一方面率众搭救，同时回到娘家，说服父亲与嫂子，把房屋点燃，以灯塔的作用给落水的难民指引方向。林家的大义之举感动了乡亲们，大家纷纷出力，帮助林家重建家园。

妈祖将睚眦侵等人的罪行向玉帝禀报，让恶人受到了应有的惩罚。在人证物证面前，睚眦一伙均无可抵赖，受到了天律的严惩。妈祖的水阙仙班得以顺利组建，她继续带领部属们，巡逻在辽阔的海面上。

吴宗伦被封为抗敌英雄，妈祖也屡朝受封，她的事迹传遍世界。